Program Magister Akuntansi (MAKSI) UGM telah dirintis sejak tahun 2002. Proses ini merupakan pencangkokan dari dua program unggulan yang telah ada, yaitu Jurusan Akuntansi Fakultas Ekonomika dan Bisnis (FEB) UGM dan Program Magister Sains (Akuntansi). Berbagai penghargan kualitas tertinggi akademik telah diperoleh oleh dua program tersebut. Proses pencangkokan ini dimaksudkan untuk mempercepat kemandirian, terutama dari sisi kualitas pendidikan program Magister Akuntansi (MAKSI). Selama sepuluh tahun terakhir, program ini telah berhasil memberikan kontribusi ke masyarakat, baik dari sisi keilmuan, sumberdaya manusia maupun pengembangan organisasi swasta dan publik.
Program MAKSI telah berhasil mengembangkan enam (6) konsentrasi, yaitu : Akuntansi Publik, Akuntansi Keuangan, Akuntansi Kemanajemenan, Sistem Informasi Akuntansi, Audit, dan Akuntansi Syariah dimana masing-masing konsentrasi mampu mengembangkan diri sebagai pengajaran terapan, dengan perbedaan isi dan metode pengajaran riset. Dari sisi input, mahasiswa yang mengikuti pendidikan Program Magister Akuntansi sebagian besar telah bekerja dan mempunyai pengalaman yang memadai, dan setelah menyelesaikan program ini alumni/lulusan program memiliki pengetahuan yang lebih komprehensif dan mampu menyajikan solusi dalam menangani berbagai permasalahan organisasi dari perspektif akuntansi. Dalam berbagai survai di lapangan, kemampuan lulusan program embrionik ini telah dikenal keandalannya dan kepiawaiannya dalam menyelesaikan permasalahan yang dihadapi perusahaan/organisasi.
Magister Akuntansi FEB UGM menggunakan Student Centered Learning (SCL) sebagai metode transfer pengetahuan. Mahasiswa diharapkan menjadi peserta aktif untuk berbagi pengalaman mereka satu sama lain dengan tujuan memperkaya pengetahuan di bidang akuntansi. Kami membekali mahasiswa dengan pemahaman teoritis yang komprehensif dan keterampilan untuk memimpin dan membuat impact serta mempersiapkan mereka sebagai leader di lapangan. Mahasiswa diberikan pemahaman yang mendalam tentang isu-isu yang berkaitan dengan akuntansi serta kerangka kerja etis dan konseptual untuk menyelesaikan berbagai permasalahan yang berkaitan dengan akuntansi. Mahasiswa akan menyandang gelar Master of Accounting (M.Acc) setelah menyelesaikan 45 kredit dalam 3 semester.
Dari sisi pengembangan organisasi sektor publik dan pemerintahan daerah, berbagai alumni program embrionik ini telah melakukan terobosan yang signifikan dalam tata manajerial pemerintahan dan rumah sakit. Kerjasama dengan beberapa lembaga pemerintahan, seperti misalnya Badan Pengawas Keuangan (BPK), Pemerintah Kota Daerah Istimewa Yogyakarta, dan Pemerintah Kota Ambon, telah dilakukan dengan baik. Praktisi di sekitar Daerah Istimewa Yogyakarta juga telah meminta ijin untuk sit in (duduk dan dengar) di dalam kelas.
Dari sisi pengembangan organisasi sektor swasta, berbagai alumni telah berhasil dipromosikan ke jabatan manajerial. Hal ini disebabkan terjadinya akselerasi kemampuan pemecahan masalah manajemen. Berbagai organisasi profesi dan praktisi, seperti KADIN, AMA dan IAI, telah meminta para pengajar Program MAKSI untuk memberikan workshop secara berseri dari satu mata kuliah yang ada. Selain itu, pengembangan materi berupa software dan kasus yang dihimpun per konsentrasi telah terbukti sangat menguntungkan bagi peserta didik dalam bersimulasi dunia nyata.